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详解牛津纳米孔测序仪

时间:2019-08-15 20:11:23 来源:互联网 阅读:0次

  2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行,有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示,技术之创新,令人震惊!21日下午,牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockhotel举行了一个小型的封闭式的技术说明会,讲解了纳米孔的测试结果。

  尺寸

  MinION的尺寸之小,大大出乎我的意料,竟然只有一支笔的长度,重大约100克,太神奇了。要知道,无论是Illumina,Pacbio,还是IonProton都是100斤以上大家伙。MinION完全颠覆了测序仪的形象,从眼看到MinION,我就觉得纳米孔技术称之为第四代基因测序仪,丝毫不为过。MinION直接通过USB链接到笔记本上,原始的电流信号通过络传到英国的服务器上,进行Basecalling。

  测序长度

  纳米孔测序没有测序长度的说法,因为它完全颠覆了测序读长的定义。事实上,它总是能够完整的把一条DNA链从头测到尾,因此它的测序读长就是DNA的长度。极端的情况是,一整条染色体都可以从头测完,但是一般来说样本制备时DNA会断开。根据UCSC报道的用户使用的结果表面,一般读出的reads平均为1kb-5kb,这个读长完全是因为样本打断到了这个尺寸。我看到长的reads竟然长达120kb,太神奇了!

  测序速度

  一个MinION有500个纳米孔在并行测序,每个孔每秒测 0bp,因此,要测到1G的数据,需要 天时间。

  测序错误率

  纳米孔测序错误率非常高,高到现有的sequencealignment软件都无法应对。UCSC的生物信息学专家测试了BWA,Bowtie等等,每一种都不太适合。而测序错误率也因软件不同而相差巨大,如果一定要给个数字的话,大约为 0%的错误率。纳米孔技术无法像pacbio一样做环形测序,纳米孔公司的人也承认没有找到大幅度降低错误率的办法。

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